Am 26. Mai 2006 war es soweit. Gemeinsam mit Kanzlerin Merkel und einer halben Million Zuschauern konnte der damalige Bahnchef Hartmut Mehdorn die Eröffnung des Berliner Hauptbahnhofs feiern. In der Nacht zum 28. Mai fuhr der erste reguläre Zug, die Betriebsgenehmigung vom Eisenbahn-Bundesamt war wenige Stunden zuvor eingetroffen. Damit hielt Mehdorn sein Versprechen, den Bahnhof zur Fußball-Weltmeisterschaft in Deutschland zu eröffnen.
Der Bau auf dem Gelände des einstigen Lehrter Bahnhofs, hatte am 9. September 1998 begonnen. Die Inbetriebnahme war zunächst für 2003 angekündigt. Doch wie zuletzt bei fast allen Großprojekten in Berlin kam es rasch zu Verzögerungen – und Kostenexplosionen. Anfangs war das Projekt noch mit 400 Millionen Euro kalkuliert. Am Ende sollten es 1,4 Milliarden Euro gewesen sein – inklusive Tunnel und Brücken. Eine offizielle Endabrechnung zu den Baukosten hat die Bahn bis heute nicht veröffentlicht.
Anders als später am Hauptstadtairport BER konnte Mehdorn beim Berliner Hauptbahnhof noch rechtzeitig die Reißleine ziehen. Erst holte er 2001 mit Hany Azer einen durchsetzungsstarken Bauleiter. Und um Kosten und Zeit zu sparen, verfügte Mehdorn mehrere rigide Eingriffe in die Architektur. Das Dach über den sechs Stadtbahngleisen wurde an beiden Seiten um je 60 Meter verkürzt. Und in den Untergeschossen ließ die Bahn statt aufwendiger Gewölbe flache Zwischendecken einziehen. Architekt von Gerkan war empört, ein jahrelanger Rechtsstreit sollte folgen. Inzwischen habe man sich in allen Streitpunkten geeinigt, heißt es bei der Bahn.